مدفوع در نوزادان دارای تغذیه شیر مادر در طول هفته‌های اول زندگی نوزاد هنوز در حال ایجاد عادت‌های مربوط به تغذیه و دفع مدفوع خود است مدفوع نرمال نوزاد دارای تغذیه از شیر پستان رنگ زرد متمایل به قهوه‌ای یا سبز، حالت دانه دانه، و گاهی از اوقات اندکی شُل و ول دارد. در هفته‌های اول زندگی نوزاد، این موضوع شایع است که والدین و مراقبان بچه نگران سالم بودن نوزاد، کافی بودن تغذیه وی و حساس بودن به شیر خشک یا شیر پستان باشند. در چند روز اول پس از وضع حمل، نوزاد ممکن است مدفوع متراکم، و سیاه با قوامی شبیه به قیر داشته باشد. پزشکان این مدفوع را مکونیوم می‌نامند، و اغلب در طول چند روز ناپدید می‌شود. در طول هفته‌های اول زندگی نوزاد هنوز در حال ایجاد عادت‌های مربوط به تغذیه و دفع مدفوع خود است.
انتروکولیت نکروز دهنده و مشکلات روده در نوزادان نارس دکترها در مورد علت انتروکولیت نکروز دهنده مطمئن نیستند انتروکولیت نکروز دهنده نوعی بیماری جدی است که روده نوزادان نارس را درگیر می‌کند. این بیماری معمولاً در طول دو هفته اول زندگی نوزادانی بروز می‌کند که به جای شیر پستان از شیر خشک تغذیه می‌شوند. در این وضعیت باکتری‌ها به دیواره روده هجوم می‌برند. این می‌تواند باعث ایجاد یک ترک یا شکاف شود که امکان می‌دهد تا اجرام بیماریزا به داخل شکم نشت کنند. در صورت عدم درمان وضعیت مورد اشاره می‌تواند به عفونت جدی و مرگ منتهی شود. دکترها در مورد علت انتروکولیت نکروز دهنده مطمئن نیستند. آنان اکنون این را می‌دانند که نوزاد نارس دارای ریه‌ها و روده‌هایی است که ضعیف‌تر از نوزادان فول-ترم هستند.
هیدروسل در نوزادان پسر هیدروسل زمانی بروز می‌کند که مایع به میزان بیش از حد درون کیسه بیضه جمع می‌شود هیدروسل نوعی ورم در کیسه بیضه است، عضو شبه کیسه‌ای که بیضه‌ها را در خود جا داده است. هیدروسل زمانی بروز می‌کند که مایع به میزان بیش از حد درون کیسه بیضه جمع می‌شود. این اختلال بیش از همه گروه‌های سنی در میان نوزادان شایع است، اگرچه امکان ابتلاء پسربچه‌ها و مردان بزرگسال نیز وجود دارد. هیدروسل ممکن است طنینی جدی داشته یا جدی به نظر برسد، حتی دردناک باشد اما نباید نگران بود، چرا که هیدروسل به نوزاد آسیب نمی‌زند. هیدروسل حتی ممکن است خود به خود از بین برود اگرچه مردم باید در این مورد به پزشک مراجعه کنند.
رنگ مدفوع نوزاد مدفوع نوزاد در طول روزها، هفته‌ها و ماه‌های اول زندگی دچار تغییر می‌شود، و طیفی گسترده از رنگ‌ها در این مورد نرمال محسوب می‌گردد. در اطفال سن، رژیم غذایی و وضعیت سلامت دلایل اصلی تغییرات رنگ مدفوع محسوب می‌شوند. رنگ مدفوع در نوزادگان [نوزاد تازه به دنیا آمده] تقریباً سیاه است، در حالی که نوزادان بزرگ‌تر دارای مدفوع زرد رنگ یا قهوه‌ای هستند. تغذیه با شیر پستان و شیر خشک نیز بر رنگ مدفوع تأثیرگذار است.عوامل مختلفی می‌توانند باعث تغییر رنگ مدفوع نوزاد شوند.
خون در مدفوع نوزاد مشکلی جدی است؟ بسیاری از نوزادان دستکم یک بار در طول دوره نوزادی دچار وجود خون در مدفوع می‌شوند بسیاری از نوزادان دستکم یک بار در طول دوره نوزادی دچار وجود خون در مدفوع می‌شوند. زور زدن برای دفع مدفوع، هموروئیدهای کوچک، و دیگر اختلالات خفیف ممکن است باعث ایجاد خون در مدفوع نوزاد شوند. به هر حال مشکلات جدی‌تر - مثل خونریزی روده - نیز ممکن است باعث بروز خون در مدفوع شوند. بنابراین، در حالی که مردم نباید از دیدن خون در مدفوع نوزاد مضطرب گردند، ایده خوبی خواهد بود که برای تشخیص صحیح و درمان درست نوزاد خود را به پزشک ارجاع دهند. اگر مدفوع نوزاد سرخ‌رنگ باشد همیشه به این معنی نیست که او خون دفع می‌کند.
مخاط در مدفوع نوزاد بیشتر تغییرات ایجاد شده در مدفوع نوزادان موقتی است در صورت عدم وجود علایم دیگر بودن مقدار کمی مخاط در مدفوع نوزاد علتی برای نگرانی ندارد. به هر حال، وجود مقادیر بالای مخاط، مشاهده مخاط در چند بار مدفوع کردن متوالی، یا همراه بودن آن با نشانه‌های اسهال می‌تواند نشانه‌ای از وجود آلرژی، عفونت دستگاه گوارش یا یا مشکلی دیگر باشد. روده‌ها به شکل طبیعی برای پوشاندن دستگاه روده، هضم غذا و دفع مدفوع مخاط تولید می‌کنند. برخی از اوقات، مقداری از این مخاط در مدفوع وارد می‌شود. وجود مقدار کمی مخاط در یک یا دو پوشک، به ویژه اگر با علایم دیگری همراه نباشد معمولاً نشانه‌ای از بیماری نیست. گاهی از اوقات، مخاط در مقادیر زیاد بروز کرده یا در چند روز متوالی دیده می‌شود. در این مورد احتمال وجود مشکلی زیربنایی در نوزاد مطرح است.
سندرم مرگ ناگهانی نوزاد یا گهواره‌مرگی تلفیقی از عوامل فیزیکی و زیست محیطی می‌توانند باعث آسیب‌پذیری بیشتر نوزاد در مقابل سندرم مرگ ناگهانی نوزاد شوند سندرم مرگ ناگهانی نوزاد مرگ غیر قابل توضیح، و معمولاً در طول خواب نوزاد به ظاهر سالم با سن کمتر از یک سال است. سندرم مرگ ناگهانی نوزاد گاهی از اوقات مرگ در گهواره [گهواره‌مرگی] شناخته می‌شود زیرا نوزادان اغلب در گهواره یا ننو می‌میرند. اگرچه علت در این مورد ناشناخته مانده است به نظر می‌رسد که سندرم مرگ ناگهانی نوزاد با نقایصی در بخشی از مغز نوزاد که کنترل تنفس و برخاستن از خواب را کنترل می‌کند مرتبط است. محققان برخی عوامل را کشف کرده‌اند که می‌توانند نوزادان را در معرض افزایش خطر مزبور قرار دهند.
